Molecular Characterization on Vitellogenins (Vtg) of Grass Carp (Ctenopharyngodon idella)

Silmy Aulia Rufiatin Nisa, Nur Apriatun Nafisah, Christosie Immanuel Wahyudi

Sari


Ikan koan memiliki berbagai manfaat untuk kepentingan akuakultur karena mampu berperan sebagai agen biokontrol di perairan sekaligus sebagai sumber protein berkualitas tinggi sehingga berpotensi sebagai target pengembangan budidaya ikan. Upaya yang dapat dilakukan dalam mengembangkan budidaya perikanan adalah menghasilkan bibit unggul melalui manipulasi reproduksi. Penelitian ini dilakukan untuk memahami karakteristik molekuler serta biokimia dari protein Vtg sebagai salah satu protein yang berperan penting dalam oogenesis pada ikan koan, khusunya selama proses Vitelogenesis. Studi dilakukan secara in silico, antara lain analisis filogenetik pada ketiga jenis protein Vtg, analisis karakter fisikokimia dan prediksi domain serta situs fosforilasi. Hasil karakterisasi menunjukkan bahwa Ci-VtgAa dan Ci-VtgAb memiliki hubungan evolusioner yang lebih dekat dibanding dengan Ci-VtgC. Hal tersebut didukung dengan analisis prediksi domain protein yolk, dimana Ci-VtgC tidak memiliki domain Phosvitin (Pv). Hasil analisis karakter fisikokimia mengindikasikan bahwa protein Ci-VtgC cenderung bersifat asam namun lebih stabil dibandingkan Ci-VtgAa dan Ci-VtgAb. Ketiga protein memiliki ketahanan terhadap rentangan temperatur yang luas, memiliki interaksi yang baik dengan molekul air, serta komposisi asam amino didominasi oleh Leucine (Leu). Adanya situs fosforilasi dan O-glikosilasi pada ketiga protein mengindikasikan peran Ci-VtgAa, Ci-VtgAb, dan Ci-VtgC dalam transpor ion logam dan karbohidrat.

Kata Kunci: ikan koan, betina, analisis protein, vitelogenesis


Teks Lengkap:

PDF

Referensi


Babo, D., Sampekalo, J., & Pangkey, H. (2013). Pengaruh beberapa jenis pakan hijauan terhadap pertumbuhan ikan Koan Stenopharyngodon idella. Budidaya Perairan, 3, 1-6. doi: 10.35800/bdp.1.3.2013.2716

Choirom, R., Syahrizal., & Safratilofa. (2020). Pemberian Pakan Nabati Tumbuhan Air Yang Berbeda Terhadap Pertumbuhan dan Kelangsungan Hidup Benih Ikan Koan (Ctenopharyngodon idella). Jurnal Akuakultur Sungai dan Danau, 5(1), 24-29. doi: 10.33087/akuakultur.v4i2.55

Cudmore, B. & Mandrak, N.E. (2004). Biological Synopsis of Grass Carp (Stenopharyngodon idella): Canadian Manuscript Report of Fisheries and Aquatic Sciences 2705. Burlington-Kanada.

Finn, R.N. (2007). Vertebrate yolk complexes and the functional implications of phosvitins and other subdomains in vitellogenins. Biol Reprod 76(6),926–935. doi: 10.1095/biolreprod.106.059766

Finn, R.N. & Kristoffersen, B.A. (2007). Vertebrate vitellogenin gene duplication in relation to the "3R hypothesis": correlation to the pelagic egg and the oceanic radiation of teleosts. PLoS One, 2(1), 169. doi: 10.1371/journal.pone.0000169

Gao, X., Zhou, Y., Zhang, D., Hou, C. & Zhu, J. (2019). Multiple vitellogenin genes *vtgs) in large yellow croaker (Larimichthys crocea): molecular characterization and expression pattern analysis during ovarian development. Fish Physiol Biochem. https://doi.org/10.1007/s10695-018-0569-y

Gasteiger, E., Hoogland, C., Gattiker, A., Duvaud, S., Wilkins, M.R., Appel, R.D. & Bairoch, A.

(2005). Protein Identification and Analysis Tools on the ExPASy Server. (In) John M. Walker (ed): The Proteomics Protocols Handbook, Humana Press pp. 571-607. doi: 10.1385/1-59259-584-7:531

Kementerian Kelautan dan Perikanan. (2018). Produktivitas Perikanan Indonesia. Forum Merdeka Barat 9 Kementerian Komunikasi dan Informatika.

Marchler-Bauer, A., Bo, Y., Han, L., He, J., Lanczycki, C.J., Lu, S., Chitsaz, F., Derbyshire, M.K., Geer, R.C., Gonzales, N.R., Gwadz, M., Hurwitz, D.I., Lu, F., Marchler, G.H., Song, J.S., Thanki, N., Wang, Z., Yamashita, R.A., Zhang, D., Zheng, C., Geer, L.Y. & Bryant, S.H. (2017). CDD/SPARCLE: functional classification of proteins via subfamily domain architectures. Nucleic Acids Res, 45, 200-203. doi: 10.1093/nar/gkw1129

Pipil, S., Rawat, V.S., Sharma, L. & Sehgal, N. (2015). Characterization of incomplete vitellogenin (VgC) in the indian freshwater murrel, Channa punctatus (Bloch). Fish Physiol Bioche, 41(1), 107. doi: 10.1007/s10695-014-0009-6

Reading, B. & Sullivan, C. (2011). Vitellogenesis in fishes. In: Ferrell AP (ed) Encyclopedia of fish physiology: from genome to environment. Academic Press, Inc, Maryland Heights: MO, pp 635–646.

Tamura, K., Stecher, G., Peterson, D., Filipski, A. & Kumar, S. (2013). MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0. Molecular Biology and Evolution, 30, 2725-2729. doi: 10.1093/molbev/mst197

Wong, Y.H., Lee, T.Y., Liang, H.K., Huang, C.M., Wang, T.Y., Yang, Y.H., Chu, C.H, Huang, H.D., Ko, M.T. & Hwang, J.K. (2007). KinasePhos 2.0: A web server for identifying protein kinase-specific phosphorylation sites based on sequences and coupling patterns. Nucleic Acids Research. doi: 10.1093/nar/gkm322




DOI: https://doi.org/10.31869/mi.v19i2.6175

Article Metrics

Sari view : 0 times
PDF - 0 times

Refbacks

  • Saat ini tidak ada refbacks.


##submission.copyrightStatement##

INDEXED BY :

 


Lembaga Penelitian & Pengabdian Masyarakat (LPPM). Universitas Muhammadiyah Sumatera Barat
Jl. Pasir Kandang No.4, Pasie Nan Tigo, Kec. Koto Tangah, Kota Padang, Sumatera Barat 25586. 
Email : lppmumsb@gmail.com



Kunjungan Sampai Saat ini    Web Analytics Made Easy - StatCounter

This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.